近年来，区委区政府高度重视畜禽养殖污染治理工作，先后制定出台了《万州区畜禽养殖区域划分》、《万州区畜禽养殖污染防治规划》等，制定了2016年、2017年万州区畜禽养殖污染治理实施方案，对全区畜禽养殖污染治理进行了全面安排部署。
按照区委、区政府部署，全区上下齐心协力加快了禁养区养殖场的关闭搬迁。迄今，已关闭或搬迁禁养区养殖场123家，城市建成区的养殖场已于去年关闭完毕，全区禁养区养殖场将于今年底实现全部关闭。
我区狠抓规模养殖场污染治理，按照种养一体化、养殖密集区废弃物集中处理等模式，通过雨污分流、干湿分离、厌氧发酵和“三沼”综合利用等措施开展养殖污染治理。2016年治理了132家畜禽养殖场，完成4.235万生猪当量治污任务。今年实施3.2万头存栏生猪当量污染治理工作，目前，已完成8家养殖场关闭搬迁、29家1.4万生猪当量治污任务。多年来，我区累计建设农村户用沼气8万余户，建池率占适宜建池农户的80%，基本实现全区畜禽散养农户的粪污无害化处理。
到2020年，我区将实现畜禽养殖污染全域治理。